Цитата
А церковные епархии делились тоже по губерниям?
В целом можно считать, что да. Хотя формально это два разных ведомства.
Ситуация тогда такая же, как и сейчас. Есть Епархии - Костромская, Ярославская и т.д. И есть области соответствующие. Формально совпадать они не должны, поскольку ведомства совершенно разные. Но из практических соображений удобно, чтобы они совпадали.
Цитата
Меня интересуют метрические книги церкви с.Никольского. Где их искать - в Костромском или Ярославском архиве?
В Костромской губернии по состоянию на 1907 год числится 7 сел Никольских, в том числе 2 - в Нерехтском уезде. Вы определитесь, какое из них Ваше. И куда оно относится по современному АТД.
Упорядоченные в коллекции метрические книги хранятся в архиве по месту текущего подчинения села-центра прихода. То есть в Костромском архиве хранятся книги по селам, входящим в современную Костромскую область (фонд 56).
Однако есть всякие разрозненные книги, которые можно встретить в достаточно неожиданном месте. Например, мне попадались, книги брачных обысков по отдельным церквям Галичского уезда в фонде Костромской духовной консистории в описях, посвященным всяким чрезвычайным ситуациям - пожарам, кражам и т.п.