* * *
ПЕРЕНЕСЕНО СО СТАРОГО ФОРУМА:
Эдуард Витальевич:
Вот несколько ссылок по молекулярной генеалогии и геногеографии:
http://genofond.ru - Геногеографическое изучение генофонда Евразии
http://dnatree.ru - Генетическая генеалогия России
http://www.smgf.org/ - Молекулярно-генеалогический фонд Соренсена (SMGF)
Стоимость анализа ДНК в разных конторах разная, разная и глубина исследования: можно, например, за $270 сделать анализ по 67 маркерам; а SMGF делает 26-маркерный анализ Y-хромосомы плюс митохондриальную и аутосомальную ДНК.
Насколько я понимаю, 25 маркеров - это приблизительно 7 поколений, 37 маркеров - 5 поколений, а исследование приблизительно по 37 маркерам позволяет найти общего предка в пределах 100 лет, т.е. 3-4 поколения. Пара шагов генеалогической удаленности на 25 маркерах - это общий предок, живший лет 700 назад.
Вот интересные статьи по этой теме («Курс молодого бойца», как сказано в одном из форумов):
http://www.lebed.com/...
http://www.lebed.com/...
И ещё несколько ссылок для тех, кто хоть немного знаком с английским:
http://ftdna.com/... - Кривая зависимости (количество маркеров/количество поколений)
http://ftdna.com/... - По скольким маркерам проводить тест - по 12, 37, 67?
http://ftdna.dnatree.ru/... - Что я получу после прохождения теста?
http://ftdna.dnatree.ru/... - Расценки
http://ftdna.dnatree.ru/... - Haplogroup H sub-clades (машинный перевод статьи о митохондриальной ДНК)
.
Здесь указаны расценки на анализ:
http://www.familytreedna.com/...
Хотелось бы знать мнение посетителей форума по данному вопросу.
Может быть, кто-нибудь уже заказывал анализ своей ДНК? Поделитесь, пожалуйста, опытом.
Если верить страничке http://www.smgf.org/..., то "Participation is free" ("участие бесплатное"). А ещё на http://www.smgf.org/... написано, что вновь присоединяющиеся к проекту получают купон [с данными] автоматически ("NEW PARTICIPANTS may take advantage of this offer simply by participating in the SMGF project. After submitting a sample and a four-generation genealogy, you will automatically receive a coupon").
AGP21:
Эдуард Витальевич, бесплатное участие не означает бесплатного результата, мне так кажется. А давайте, Эдуард Витальевич, Вы будете первым из нас, кто испытает это интересное (серьезно) дело на себе?
Эдуард Витальевич:
18 мая я заказал 10-15 наборов на БИРО. 22 мая наборы нам были высланы. 29 мая получены 15 наборов. 5 июня первые 9 наборов с образцами ДНК и родословными членов БИРО были отправлены в Санкт-Петербург, ещё 6 скоро вышлем. Обещали, что в течение 2 месяцев результаты анализа будут готовы. Постараюсь держать читателей этого форума в курсе событий. Кстати, в четвёртом номере журнала "Природа" (стр. 21-28) опубликована статья Б.А. Малярчука и М.В. Деренко "Структура русского генофонда".
AlbaRus:
Хотел пояснить условия участия в проекте Молекулярно-генеалогический фонд Соренсена (SMGF). http://www.smgf.org/... Действительно участие бесплатное, и для тех, кто хочет поучаствовать, следует заполнить запрос (прилагается на том же сайте в том числе и на русском языке) на высылку тестового комплекта, куда также будет вложена пустая форма "генеалогической схемы", которую следует заполнить по возможности полно (базовые данные по четырем поколениям своих предков). Вместо их схемы, можно приложить и свою аналогичную распечатку (или свой GED-файл на диске или дискете). Не совсем ясно, правда, на каком языке, но скорее всего в любом случае латинскими буквами. В комплект включена также инструкция, как брать тест генеалогического материала (в их случае надо будет делать скребки с внутренней стороны щек при помощи "зубных" щеток). Затем все это отправить обратно к ним. Если вы находитесь вне пределов США, почтовые услуги - за свой счет.
Данная схема НЕ предусматривает и НЕ предполагает, что с вами поделятся результатами анализа вашего ДНК-материала. Взамен они предоставят вам купон, который даст вам право на скидку для проведения аналогичного ДНК-анализа в другой конторе ("Relative Genetics"): либо 26-маркерного анализа Y-хромосомы отцовской линии стоимостью 95 долларов США ИЛИ анализа митохондриальной ДНК женской линии стоимостью те же 95 долларов.
Участие также требует подписания письменного "согласия" на добровольное предоставление своего ДНК-материала и генеалогической информации. При этом Фонд обязуется хранить ваши личные данные в тайне (имя, фамилию, адрес и т.д.), а также не называть имена/фамилии ваших родственников/предков, родившихся после 1906 года, в своих "открытых" генеалогических схемах и древах и прочих публикациях.
Эдуард Витальевич:
Цитата
На русском. Желательно печатными буквами. Я прикреплял распечатку первых четырёх поколений из GenoPro. Если данные предоставят бесплатно, предоставлю им данные о ещё нескольких поколениях предков.
Цитата
Наука движется семимильными шагами. Раньше брали кровь из вены. Теперь высылают пузырёк со специальным фиксирующим раствором; этим раствором нужно поласкать рот в течение не менее 45 сек. Оригинальный вкус, и во рту пощипывает (спирт?).
Цитата
Затем всё это отправляется в Санкт-Петербург. Там централизованно высылается в США. Если бы народ у нас не "тормозил", мы бы отправили одной посылкой все 15 образцов за 60-70 руб. (достаточно скинуться по 4-5 руб.)
Цитата
6 (?) июня по ТВ сообщили, что Михаил Зурабов сказал, будто бы вопрос с клиническими анализами биобразцов решат через неделю или две, а для неотложных больных - уже через несколько часов.
AlbaRus:
На их сайте однозначно написано, что сам Фонд не выдает участнику результаты анализа его ДНК-материала. И чтобы "сгладить" возможное разочарование у участника, они предлагают ему купон для другой (уже коммерческой) фирмы, делающей такие же анализы за деньги. Не ясно, правда, оплатит ли данный купон весь тест, который для всех других стоит 95 долларов, или только часть из этих 95 долларов. Фонд является некоммерческой организацией и цели у него более глобальные и исключительно научные - установление путей миграции семей и генеалогического родства между этносами и т.д. С другой стороны, если участник знает свой ДНК код, тогда он сможет сделать поиск по их базе данных, которая находится в процессе создания и будет доступна (уже частично доступна) через их сайт в интернете. Разве что для местных генеалогических обществ у них имеются специальные условия участия в проекте и они вам подтвердили факт предоставления результатов
Эдуард Витальевич:
Хорошо. Некая коммерческая фирма делает анализ Вашей ДНК, а Вы расплачиваетесь с ней купоном вместо денег. Что эта фирма будет делать с Вашим купоном? Или ей по купону Фонд выплатит какую-то сумму? Тогда зачем Фонду платить дважды - и за научные исследования, и коммерческой организации? Или я что-то не понял? Как мне кажется, мы сможем получить бесплатно данные по 26 маркерам, а остальные 38 вычислить перебором по размещённой в сети БД. В конце концов, для того кто-нибудь и должен идти первым, что бы на него ориентировались другие. Пока же можно сказать одно: "Время покажет". Либо можно будет сказать "Айда за мной!", либо "Осторожно, мины!"
AlbaRus:
Как написано на сайте Relative Genetics, эта фирма находится также в Солт Лейк Сити и является бизнес-структурой Sorenson Genomics. В сентябре 2001 года эта фирма купила Центр Тестирования ДНК GeneTree. Центр специализируется в установлении отцовства, а Relative Genetics занимается генетической генеалогией (на коммерческой основе). Sorenson Genomics аккредитована при Американской Ассоциации Банков Крови (ААБК) как фирма занимающаяся установлением отцовства, а также при международной организации по оказанию Качественных Криминалистических Услуг (ККУ-М). Оказывает услуги по тестированию ДНК клиентам в более 75 странах мира. Как написано на сайте Молекулярно-Генеалогического Фонда Соренсона (МГФС), который также находится в Солт Лейк Сити (создан в 2002 году), фонд специально сбросил все лабораторные дела на Sorenson Genomics, для того, чтобы сосредоточиться исключительно на анализе получаемых данных. Кстати, все эти фирмы, фонды и структуры являются делом рук господина Джеймса Л. Соренсона, который в 1999 году задумал создать генетическую карту народов мира, которая бы наглядно продемонстрировала генетическую связь между всеми живущими и жившими на Земле людьми (и может не только людьми). Первоначально, все работы в этом направлении проводились на базе Университета Брайхэма Юнга под руководством профессора Скотта Р. Вудворда и его студентов. За лето 2000 года они собрали свои первые 2000 образцов ДНК. В 2001 году на базе университета создали Центр по Молекулярной Генеалогии (ЦМГ), который отвечал за хранение и анализ образцов ДНК, а также за разработку первого банка данных с результатами. Затем в 2002 году создали фонд благодаря финансовому участию господина Соренсона и Иры Фултон, куда и передали весь этот проект и ЦМГ. Короче все это одна и таже контора, что конечно же не делает яснее все эти сложности с купонами. Скорее всего сам Фонд, как некоммерческая организация, просто не имеет права оказывать платные услуги, а возможно и делиться результатами анализов даже с самим донором. Вот и придумали "комбинацию" с купоном в "родственную" лабораторию.
Эдуард Витальевич:
Сегодня первые наши образцы оказались в СПб.
Clavis:
Поскольку мой образец ДНК в той же партии, что и ваши образцы (сдал в Петербурге в конце июня), давайте поддерживать связь и обмениваться информацией. Я ветеран форума ДНК-древо, так что как бы перекидываю мостик между двумя форумами.
Владимир:
Я не совсем уловил: а зачем это нужно? Ведь мы же все равно не сможем сделать "скребки с внутренней стороны щек" наших умерших предков... Не раскапывать же могилы... И к тому же - а ну как не подтвердится? Не этому ли случаю соответствует евангелийское: "Увеличивая познания - мы увеличиваем лишь скорбь свою..."? Наука, как Вы правильно заметили, движется семимильными шагами, немного подождем, когда это прийдет в Россию...
AGP21:
Владимир, "раскапывать могилы" никто не собирается. Вы, вероятно, не просмотрели весь материал от Эдуарда.
Владимир:
Эдуард Витальевич, AlbaRus, AGP21, Clavis - так все-таки, господа, по существу вопроса: каким образом Проект предусматривает установление родства на генетическом уровне между ныне живущими и ныне не живущими? Или Проект такой задачи и не ставит, ограничиваясь установлением родства только между ныне живущими, как его первоначальный вариант - установление отцовства, и не более того? Тогда на какую глубину поколений? Ведь все мы - на достаточно глубоком уровне родственники...
Clavis:
Установление родства между ныне живущими - это задача прежде всего для нас, доноров ДНК-материалов. Какие выводы сделает сам фонд SMGF, и в какие сроки, и будут ли эти выводы опубликованы в общедоступном месте, каким я признаю только Интернет - для меня, конечно, интересно, но не так важно. Когда я получу известие, что анализ сделан, зайду на страничку Y-Chromosome Marker Details и поищу себя, благо, моя фамилия в этой базе еще не очень многочисленна - по России 23 чел. Конкретно ищем здесь:
SEARCH FOR ANCESTORS - ALL RESOURCES
Пока опущу технологию, как вытащить свои аллели из базы данных, а перейду к тому, что с ними можно сделать. Если поискать по всем базам данных Y-хромомомы, можно найти людей с минимальным отличием по аллелям. Учитывая, насколько больше сдано анализов на Западе на каждый миллион жителей, скорее всего вам в первую очередь попадутся иностранцы - не потому, что самые близкие родичи, а потому что их много. Но в этих базах будет с каждым годом все больше соотечественников - вспомните, как редко можно было встретить у нас сотовый телефон еще 10 лет назад, а теперь? Во-вторых, уже сейчас можно с большей или меньшей вероятностью оценить, в каком регионе России жили предки по мужской линии в средние века (для тех, кто не очень уверен в этом по архивным данным. Я имею в виду научные выборки на YHRD-база , где анализ брали только у старожилов определенных областей (51 чел из Владимирской, 58 чел из Нижегородской и т.д.) - по сходству 9 аллелей из научной выборки с Вашей девяткой можно сделать какие-то выводы. Надеюсь, эта база будет тоже быстро расти. Например, в Польше только Гданьское воеводство представлено выборкой свыше 900 чел - не настолько же мы беднее поляков продолжу позже.
Владимир:
Clavis, СПАСИБО, КОНЕЧНО... НО ВСЕ ЖЕ ЕЩЕ РАЗ (ПРЕДПОЛОЖИТЕ, ЧТО ТУПОЙ Я...)
"Проект такой задачи УСТАНОВЛЕНИЯ РОДСТВА МЕЖДУ НЫНЕ ЖИВУЩИМИ И НЫНЕ НЕ ЖИВУЩИМИ ставит или не ставит?, ограничиваясь установлением родства только между ныне живущими, как его первоначальный вариант - установление отцовства, и не более того?" ТАК НА СКОЛЬКО ЖЕ ПОКОЛЕНИЙ ВГЛУБЬ? Установление отцовства (или между родными братьями) - одно поколение вглубь... Установление родства между дедом и внуком (или между двоюродными братьями) - два поколения вглубь... и т.д... на сколько поколений вглубь мощен проект? на 5? на 10? на 20? на 50? на 100? Если, например, мы с Вами родственники (имели общего пра-пра-пра (18 раз) предка, в 18-м поколении, проект, то есть анализ ДНК, это сможет уловить?.. а если в 74-м поколении? Сможет? И как быть с женскими линиями? Проект (анализ ДНК) их вообще не улавливает? Вот сколько вопросов по существу... А все остальное - вода...
Andko:
Владимир, насколько я понимаю, здесь речь идет только о вероятностном подходе к генеалогии.
По документам в архиве Вы сможете однозначно установить родство с каким-то человеком.
Здесь же - всего лишь - узнать, где вероятнее всего жили Ваши далекие предки, - возможно ли в принципе найти родственную связь с каким-то конкретным человеком, и т.п. ИМХО (да не обидятся на меня участники проекта - это мое личное мнение): проект на сегодняшний день позволяет потешить самолюбие или удовлетворить любопытство испытуемого. Ну, что мне от того. если. к примеру, выяснится, что мои предки пришли на Ярославскую землю, скажем, с Балкан? Это, ведь, со 100%-й уверенностью не докажешь. И кто именно пришел? У меня 2 родителей, 4 бабушек/дедушек, ... 1024 пра-пра-пра-пра-пра-пра-пра-дедов... и т.д. Кто-то из них, допустим, пришел с Балкан. И что мне это дает? А вероятность родства с каким-то человеком - разве ее можно отразить в общей родословной схеме? Фактов в мою генеалогическую схему информация не добавит, а только поможет запутаться.
Уж лучше "только лишь по сохранившимся документам"! Или я не прав?
Clavis:
Владимир, анализ ДНК имеет три вида:
1) анализ Y-хромосомы на SNP и STR - позволяет оценить (но не определить с точностью до одного поколения!) степень родства по чисто мужской линиии. По сравнению с архивными данными есть несомненный плюс: тут только биологические отцы, а "официальный" отец может таковым не быть. Если анализ сдает женщина, этот вид, естественно, недоступен.
2) анализ митохондриальной хромосомы - позволяет оценить степень родства (с числом поколения тут еще сложнее) по прямой материнской линии. Делается как для женщин, так и для мужчин.
3) анализ аутосомных маркеров. Интегральная картина по всем предкам по любой смешанной линии (если маркеров 50, то мы их получили от 50 разных предков, мужчин и женщин - случайным образом, среди многих тысяч предков. Эти гены ничено не кодируют - ни цвет глаз, ни форму носа, это просто меточки. По ним определяют, что (например) примерно 50% ваших предков из Западной или Центральной Европы, 30% из народов, ныне чаще всего говорящих на языках финской группы (от Финляндии до Урала), а 20% - из Центральной или Восточной Азии. Этот анализ эффективнее всего когда происхождение из очень разных регионов (например, для латиноамериканцев, у которых смесь европейских, индейских и африканских генов). SMGF, насколько я знаю, такой анализ нам не делает.
Владимир пишет:
Цитата
Наука о том, сколько поколений отделяют Вас от другого мужчины, сдавшего на анализ свою Y-хромосому, создается буквально на глазах, и лучше почитать, что пишет лучший специалист в этой области Анатолий Клесов. Только на днях он сделал вывод:
"Перед тем как браться за гаплотипы, имеет смысл сформулировать четкий вопрос - зачем, с какой целью я за них берусь? Что я хочу получить? Какого уровня задачу я хочу решить? Для какого круга потенциальных "родственников?" На уровне всего этноса? На уровне семейного клана? На одном из промежуточных уровней? На каком именно? На какой срок вглубь я собираюсь заглянуть? Несколько столетий? Несколько тысячелетий, 2000-3000 лет? 5000-6000 лет? 8-10 тысяч лет? 15-20 тысяч лет?
Для каждого из этих вопросов будет своя методология, выбор длины гаплотипа, выбор скоростей мутации. Об этом фактически я писал выше.
Если счет идет для целого этноса, при котором меняются аллели у первых шести маркеров, то ими следует и обойтись. В крайнем случае - 12-маркерными гаплотипами. Частоты мутаций есть смысл брать 0.0016 и 0.002 на маркер на поколение, соответственно. Но 12-маркерные гаплотипы есть смысл брать тогда, когда мутаций в первых шести очень мало. То есть всего при нескольких столетиях до общего предка. Если срок до общего предка 2-4 тысячи лет, вполне хватит 6-маркерных гаплотипов.
О сроке до общего предка даст предварительное представление доля базового гаплотипа в выборке. Сначало следует смотреть на 6-маркерные гаплотипы. Если их в выборке три четверти и выше - целесообразно сначала посчитать по 6-маркерным гаплотипам, и уточнить по 12-маркерным. Если в выборке 30%-60% базовых 6-маркерных гаплотипов - вполне хватит для счета их. То есть к задаче надо подходить осмысленно.
Если базового практически нет - то это или мала выборка (тогда считать вообще не имеет смысла), или время до общего предка больше 10 тысяч лет. Тогда считать тоже особого смысла не имеет, и лучше просто отметить факт, что общий предок жил более 10 тысяч лет назад. Все "точные" счета в этом случае - профанация. Все равно выйдет типа "от 8 до 20 тысяч лет".
Вся тема по мутациям в маркерах STR здесь: http://dnatree.ru/...
Владимир:
Вчера по НТВ в сюжете про останки Алексея и Марии Романовых услышал фразу: "...Но ДНК очень быстро деградируют...". Как это понимать?
Евгений Воронин:
Понять так, что ДНК - всего лишь органическое вещество, которое распадается, как и вся прочая органика, под влиянием внешних факторов после гибели клетки...
Clavis:
22 августа получил сообщение, что мой тест на пути в США. Надо думать, ваши в той же посылке.
Эдуард Витальевич:
Давно же меня здесь не было... Сегодня получил сообщение, что наши образцы ДНК уже в США.